饮用水水源地的环境质量事关群众饮水安全，其保护工作至关重要。定海区的饮用水水源占了全市水源的40%左右，自2017年起，逐步对全区饮用水水库划定了水源地保护范围，并对重要饮用水水源地水库进行“一库一策”综合治理，对日供水量200吨以上的农村饮用水水源保护范围进行划定，设立警示标志和界标，治理后的饮用水水库水质稳定保持在II类。其中，岑港水库和虹桥水库已连续三年获评县级以上集中式饮用水水源地安全保障达标评估优秀。

位于岑港街道的岑港水库是一座以城镇供水、灌溉防洪为主的小（1）型水库。近年来，定海区针对岑港水库水源地全面开展摸底调查，通过建设污水处理设施、畜禽禁养划分等措施对水源地内的污染源进行全面综合治理。该水源地建有11个视频监控点位，实现一级保护区的全域监控。水库取水口内还设立了水质自动监测站，可在线监测总磷总氮、高锰酸盐指数等数据。水利及环保部门对该水源地严格落实保护管理措施，通过联合检查做好集中式饮用水水源地的巡查工作。目前，该水源地流域内植被良好，林草覆盖率90%以上，水质稳定在Ⅱ类标准。近5年来供水保证率均大于95%。

位于盐仓街道的虹桥水库是全市供水重要调节水库，占舟山本岛源水取水量的20%以上。近年来，定海区对虹桥水库的上游梯级水库—叉河水库开展了综合治理，在库区周边增设环库生态沟渠、环库围堤等人工湿地系统，削减了库前径流污染，同时在该水库内设置配水沉淀区、浅水植物修复区等净化区域，实现污染物在库内生态净化。目前该水源地一级保护区植被覆盖率93%，二级保护区的植被覆盖率96%。